7/15に一部のESXiをバージョン4.1へアップグレードしたことを書きましたが、CPUの関係でアップグレードからはぐれていたDELLマシンも部屋の模様替えと同時にCPUを載せ替え、無事4.1へのアップグレードが完了しました。
やり方は、既に他の方が詳しく書いているのでメモ程度に記しておきます。
前提ですが、VMwareアカウントを持っていて、既に4.0.xを導入済みの方です。

1. VMware vSphere CLI 4.1をダウンロードしインストールします。（ActivePerlが自動的にインストールされます）
2. アップグレードファイル（upgrade-from-ESXi4.0-to-4.1.0-0.0.260247-release.zip-7/15現在）をダウンロードしておきます。
3. アップグレードするホストの全てのクライアントをシャットダウンします。
4. アップグレードするホストをメンテナンスモードにします。
5. CLIコマンドプロンプトを開き（スタートメニューから辿れます）、配下のbinディレクトリに移動します。
6. 以下のコマンドを実行します。

   ihostupdate.pl --server [ホスト名もしくはIPアドレス] -i -b [アップグレードファイルのフルパス] -B ESXi410-GA-esxupdate

   ユーザ名とパスワードを聞いてくるので入力します。

7. 以下のコマンドを実行します。

   ihostupdate.pl --server [ホスト名もしくはIPアドレス] -i -b [アップグレードファイルのファイルのフルパス] -B ESXi410-GA

   ユーザ名とパスワードを聞いてくるので入力します。

8. 以下のコマンドを実行します。

   ihostupdate.pl --server [ホスト名もしくはIPアドレス] --query

   ユーザ名とパスワードを聞いてくるので入力します。

9. 2項目が4.1になっていればアップグレードは成功です。
10. VMware vSphere Client 4.1をダウンロードしインストールします。ここで古い4.0は削除します。
11. VMware vSphere Clientを開き、アップグレードしたホストのバージョンを確認してみましょう。

後は「VMware GO」の確認を残すのみとなりましたが、datastoreがまだ複数あるので、後日時間があったときに試して見たいと思います。

#! /bin/ash
export PATH=/sbin:/bin

log() {
echo "$1"
logger init "$1"
}

#execute all service retgistered in /etc/rc.local.d
if [ -d /etc/rc.local.d ]; then
for filename in `find /etc/rc.local.d/`
do
if [ -f $filename ] && [ -x $filename ]; then
log "running $filename"
$filename
fi
done
fi
### ここまでがデフォルト内容です
### 今回以下に追加しました
### スクリプト実体のシンボリックリンクを/sbinに作ります
ln -s /vmfs/volumes/datastore1/hotbackup.sh /sbin/hotbackup.sh

### cron設定ファイルに書き込み、cronデーモンを再起動します
cat<<_EOT_>>/var/spool/cron/crontabs/root
0 3 * * * /sbin/hotbackup.sh witkitty > /dev/null
_EOT_
kill -sigterm `ps|awk '/[c]rond/ {print $1;}'`
crond

• ESXiからバックアップボリュームが見えていること
• 引数としてはゲスト名だけを使用する
• バックアップは上書きでも良しとすること

#!/bin/ash

###	But I'm sorry, follows comments are Japanese-English, you may not understand it.
###	This script does backup without rotate.

###
#	Input
#	$1 : Guest name
#
#	Internal variable
#	$gname	: Guest name
#	$gid	: Guest ID
#	$store	: Gust datastore name
#	$gdir	: Gust datastore directory
#	$bdate	: Backup date
#	$bbase	: Backup base directory(/vmfs/volumes/esx01-backup/)
#	$bdir	: Backup directory
#
#	07/05/2009 by hiro
#	07/07/2009 add and fix by hiro
###

###-----
#	wait current snapshot creation work
#
check_running_task (){
for i in `vim-cmd vimsvc/task_list | grep vim.Task:haTask-$1 | grep $2 | sed -e 's/.*vim.Task://' -e "s/[', ]//g"`; do
if [ "`vim-cmd vimsvc/task_info $i | grep running`" != "" ] ; then
	return 0
fi
done
return 1
}
#
###-----

###=======================
#
#	Start main
#
###=======================

# the backup root directory
bbase="/vmfs/volumes/esx01-backup/"

#bdate=`date +%Y%m%d`
#echo $bdate

# the Guest name and get the Guest ID
# -------------------------------------------------------- 07/07/2009 added by hiro
#   Check parameter
if test -z $1
then
        exit 1
fi
gname=$1
gid=`vim-cmd vmsvc/getallvms | grep $gname | awk '{ print $1 }'`
# -------------------------------------------------------- 07/07/2009 fixed by hiro
#   Changed how to check GID
# if [ $? -eq 0 ]; then
if test -z $gid
then
	echo "Error : Guest - "$gname" did not exist."
	exit 0
fi

# take store location of the Guest and set full directory path of the Guest VM files
store=`vim-cmd vmsvc/getallvms | grep $gname | sed -e 's/\[//g' -e 's/\]//g' | awk '{ print $3 }'`
gdir="/vmfs/volumes/"$store"/"$gname"/"

# set backup directory path
bdir=$bbase$gname"/"
if test ! -d $bdir
then
	mkdir $bdir
else
	echo "Already exist backup file."
fi

###-----
#	Start backup
#
#---(Part.1)	copy VM managed information files, you have to copy these informations before make a clone.
#
cp $gdir$gname".vmx" $bdir
cp $gdir$gname".vmxf" $bdir
cp $gdir$gname".vmsd" $bdir
#
#---(Part.2)	take a snapshot
#
vim-cmd vmsvc/snapshot.create $gid $gname
if [ $? -ne 0 ]; then
	echo Snapshot create error.;
	exit;
fi
while check_running_task $gid createSnapshot; do sleep 1; done
#
#---(Part.3)	cloning with monosparse, if you want flat image, remove option.
#
vmkfstools -i $gdir$gname".vmdk" -d monosparse $bdir$gname".vmdk"
if [ $? -ne 0 ]; then
	echo "Error : cloning failed. your backup process did not complete."
	exit 0
fi
#
#---(Part.4)	remove a snapshot
#
vim-cmd vmsvc/snapshot.removeall $gid
#
#	Backup finished

echo "Congratulations!  Guest-"$gname" : backup completely successed."
exit 0
#
###-----

1. まず、23～30行目の関数について
   ここは、このスクリプトを何度も叩くと、スナップショット（や解放）がその回数分叩かれることになり、あまりESXiに優しくないので、もし前の処理が残っていたのならば、まだ終わっていない事を関知し、通知する関数です。
2. 41行目の変数について
   この変数は、バックアップが保存される親のディレクトリを指します。このディレクトリの後に、ゲスト名がついたディレクトリが実際のバックアップ先（59行目）になります。
3. 47～52行目
   ここでは、引数で渡されたゲスト名を保存し、またこのゲスト名を利用してIDリストから該当のID番号を取得しています。コマンド「vim-cmd vmsvc/getallvms」を叩くと、登録されているゲストの一覧が出力されます。以下が実際の出力例。

   # vim-cmd vmsvc/getallvms
   Vmid      Name                       File                          Guest OS          Version   Annotation
   528    witkitty     [datastore1] witkitty/witkitty.vmx       otherLinuxGuest         vmx-04
   544    VpnSrv       [datastore1] VpnSrv/VpnSrv.vmx           otherLinuxGuest         vmx-04
   592    clone        [datastore1] clone/clone.vmx             otherLinuxGuest         vmx-04
   

   この中に該当するゲストのIDが先頭にありますので、ゲスト名でgrepし、IDをawkコマンドで引っぱがします。（次の項でに3番目にあるFile項の中のdatastore?も引っぱがすことになります）ここで、該当ゲスト名が無ければエラーでスクリプトが終了します。

4. 55～57行目
   ここでは、ゲストファイルの配置情報を取得します。当方のESXiは、ディスクドライブが複数あり、そのうちのいくつかがdatastoreとして登録されています。よって、ゲストによっては同一ESXi上であっても配置されているdatastoreが異なります。1つしかない環境の場合は、後で示すバックアップ元ディレクトリ変数の中で固定していいと思います。
5. 59～65行目
   ここで、バックアップ先ロケーションを決定しています。決定されたディレクトリがあるかチェックしていますが、必要無いような気もしますが、後でバックアップの世代管理もやってみようと画策しているので、その時のためのものです。
6. 72～74行目
   ここから実際のバックアップ処理（クローン作成）が始まります。まず、ゲストの管理ファイルをコピーします。AKIONWEBが仰るには、これを先にしておかないと、後でファイルを編集する必要があるとのことでしたので、そのまま掲載させてもらいました。
7. 78～83行目
   ここでスナップショットを取得します。この処理で後述の仮想実体ファイルへのアクセスが可能になります。で、ここで指定のスナップショットが行われたかどうかを冒頭の関数でチェックし、スナップショットが始まったら、実体ファイルの処理に移ります。
8. 87～91行目
   ここで、vmkfstoolsコマンドを利用して実体ファイルをクローニングします。当方はmonosparseオプションを利用してバックアップ先のファイルを小さくしていますが、ボリュームサイズが潤沢の方は素のままでもいいのではないかと思います。これはリストアの時に関係していて、小さくした場合、ESXiはその小さいままのファイルを扱うことが出来ず、元の大きなファイルに戻してあげる作業が必要になります。
9. 95行目
   さて、そろそろ終わりですね。クローニングが完了したら、スナップショットを解放してあげます。

1. 上記リンクへアクセスし、アクティベーション後Windows用なりLinux用なりのインストーラをダウンロードしてきます。
   今回はWindows用です。
2. このアプリケーションを移行元の物理マシンにインストールします。
3. 「Convert Machine」ボタンをポチッとクリックします。
4. コンバート元（今回はこのアプリケーションをインストールしたマシン）とゲスト名を選択／入力します。
5. 作成される仮想イメージの転送先（今回はESXiサーバ）を指定します。
   途中オプションで、VMware Toolのインストール可否とイメージの自動起動等の設定が出来ます。
6. ウィザードで設定を完了します。

• ゲストOSのIDを取得

  ~ # vim-cmd vmsvc/getallvms

• バックアップしたいゲストOSのスナップショットを採取

  ~ # vim-cmd vmsvc/snapshot.create [ゲストOSのID] [スナップショット名]

  このスナップショットを取ることにより、本来読み込みまでロックされている.vmdkファイルのコピーが可能になります。

• ファイルのコピー
  コピー方法は、環境によりけりなので、いくつか例を。

• ESXiサーバに外部ディスクを直接アタッチしている場合は、そのマウントしているボリュームにコピーすればOK。ちなみに当方は、別のLinuxサーバボリュームをネットワークマウントしているので、そこにコピーしています。
• 外部のWindowsやNASに転送する場合は、WinSCP（日本語版）なんかを使ってネットワークコピーすればOK。
• コピーが終わったら、スナップショットを解放。

  ~ # vim-cmd vmsvc/snapshot.removeall [ゲストOSのID]